Cette indemnité mensuelle est soumise à un précompte professionnel de 11,11 % (indemnités obtenues en réparation totale ou partielle d'une perte temporaire de rémunérations). Elle ne fait par contre pas l'objet de cotisations de sécurité sociale.
L'indemnité mensuelle n'est cependant accordée que pour les heures de présence effective du stagiaire dans l'entreprise. L'indemnité est dans ce cas obtenue en multipliant par 200 le nombre d'heures de présence en entreprise et en divisant ce résultat par le nombre d'heures qui auraient dû être prestées au cours du mois donné.
Ceci signifie qu'en cas de maladie, par exemple, le stagiaire ne pourra pas prétendre à son indemnité de stage. C'est pourquoi le stagiaire doit introduire mensuellement, par le biais de son organisme de paiement, une attestation de présence (C98) au stage de transition.